Латвийский Музей природы выполняет функции научного учреждения Вашингтонской конвенции (CITES), а также работает в соответствии с программой Рамсарской конвенции.
Латвийский Музей природы является членом Международного Совета музеев (ICOM) и Латвийского Общества музеев.
Специалисты музея участвуют в работе профессиональных обществ и организаций – это Европейский Совет охраны грибов (ECCF), Общество лепидепторологов Эстонии и Финляндии, Латвийское Общество лепидепторологов, Латвийское Общество ботаников, Латвийское Общество микологов, Общество малакологов, Общество по изучению лебедей и др.