Латвийский Национальный музей природы является крупнейшим собранием природных богатств, в котором хранятся геологические, палеонтологические, зоологические, ботанические и антропологические предметы. Оно постоянно пополняется: предметы собираются в природе (экспедиции и индивидуальные выезды на природу), покупаются, музей получает предметы в дар или как конфискованные на таможне (объекты из списков Вашингтонской конвенции). В музейном собрании имеются многие виды исчезающих и уже исчезнувших видов Латвии и мира, поэтому ценность коллекций возрастает, становится всё более актуальной проблема их долговременной сохранности.
Цель собрания музея природы – собирать и сохранять ценности природы Латвии и мира, свидетельствующие о разнообразии природы, её истории и охране. Задача музея – целенаправленно обогащать собрание и увеличивать его научную ценность. В настоящее время в музейном собрании насчитывается более 200 тысяч единиц.
Начало музейному собранию было положено коллекциями предметов природы известного коллекционера Николая Химзеля (Nikolaus von Himsel, 1729–1764). Из его коллекций сохранилось около 600 образцов минералов, коллекция древесины, панцири броненосцев, небольшая коллекция рогов и костей.
Очень ценное наследие досталось музею от Рижского Общества естествоиспытателей (1845–1939), представляющее собой богатые естественнонаучные коллекции, собранные как на территории Латвии, так и по всему миру:
- чучела птиц;
- уникальная коллекция аберрантных птиц семейства куриных (с нетипичными для вида признаками) Теодора Лоренца, собранная в России в конце 19 века;
- коллекция птичьих яиц собранная Э.Ф. Штоллом в начале 20 века;
- чучела млекопитающих;
- раковины моллюсков тропических морей;
- окаменелости, геологические породы и минералы;
- гербарии.
Большое значение имеют разнообразные научно-естественные коллекции бывшего Школьного музея, а также геологические и палеонтологические коллекции Института геологии.
Основное собрание (основной фонд) является составной частью Национального музейного собрания и национальным богатством. Поэтому на музее лежит большая ответственность и обязанность обеспечить бережное отношение и долговременную доступность собраний для общества.
Доступность музейного собрания обеспечивает электронная база данных о музейных коллекциях (www.nmkk.lv), которая регулярно пополняется.