Latvijas Nacionālā dabas muzeja darbu vada direktors. Direktoru ieceļ amatā un atbrīvo no tā Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrs, konsultējoties ar Latvijas Muzeju padomi. Kopš 2002. gada muzeja direktore ir Skaidrīte Ruskule.
